Oui, il faut chercher "transparence" dans les menus. Dans Photofiltre, il y a un icone dans la barre d'outils, en haut (dans la version payante qui gère les calques, du moins). Ça doit être pareil sur Gimp.
EDIT: Par contre ça supprime la couleur du dessin, hein, ça ne fait pas que la masquer comme le fait RM °°